- 隕石は語る
- 1909年7月24日、岐阜市北部から美濃市にかけて落下した美濃隕石を展示し、隕石が語る地球誕生の歴史を紹介しています。
- 日本最古級の石
- 飛騨川河床の上麻生礫岩を展示しています。この礫岩の中には約２０億年前にできた片麻岩（珪長質片麻岩）の礫が含まれており、日本列島で見つかっている最古級の岩石です。
- 飛騨片麻岩
- 日本でも最も古い時代にできた飛騨片麻岩を展示しています。この飛騨片麻岩を含む飛騨帯は複雑な歴史をもつ岩石で、いまだに多くの謎が残されています。
- オルドビス紀(福地)の海
- 日本最古の化石（コノドント）が発見された高山市福地地域の化石をジオラマとともに展示しています。この地域には、サンゴ、三葉虫などの暖かくて浅い海にすんでいた生物の化石が多産します。
- 謎の巨大二枚貝
- 岐阜県内の石灰岩地域で発見された古生代最大の二枚貝「シカマイア」の化石とその実物大復元模型を展示しています。
- ペルム紀(赤坂)の海
- 大垣市赤坂の金生山から見つかった化石をジオラマとともに展示しています。フズリナは金生山を代表する化石の一つですが、貝の化石の中には他の地域と比べて異常に巨大なものがあります。
- 三畳紀(春日)の海
- 県内では揖斐川町春日地域で見つかっているモノチスという二枚貝の化石を展示しています。
- ジュラ紀の海
- 岐阜県南部に広く分布する地層（美濃帯）の年代を明らかにした化石（放散虫、アンモナイト）とを岐阜県北部の手取層群から見つかった中生代の化石展示しています。
- 白亜紀(荘白川)の湖畔
- 恐竜化石で知られる手取層群の中から、高山市荘川町から見つかった貝や植物の化石をジオラマとともに展示しています。
- はげしい噴火
- 飛騨から美濃地方にかけて広く分布する濃飛流紋岩と其のでき方を展示しています。また、激しい噴火の後につくられた花崗岩中の水晶などの鉱物も展示しています。
- デスモスチルス類
- 岐阜県東部の瑞浪層群で見つかった謎の哺乳類デスモスチルス類（デスモスチルスとパレオパラドキシア）の全身骨格などを展示しています。
- 新生代(可児)の湖畔
- 可児市平牧周辺で見つかった化石をジオラマとともに展示しています。ゴンフォテリウムとよばれる祖先的なゾウなど、当時の大型ほ乳類がくらしたようすをご覧いただけます。
- メタセコイアと湖
- 現在の濃尾平野から東濃地方に分布する地層や、奥美濃地方に分布する地層から見つかった化石を展示しています。これらは新第三紀の終わりにかけて存在した湖周辺の生きものの化石です。
- 火山の誕生
- 約10数万年前に活動を始めた活火山、御岳火山の溶岩や火山弾を展示するとともに、御岳火山の活動の歴史を紹介しています。
- 濃尾平野のなりたち
- 濃尾平野ができたようすについてボーリング資料の模型などをもとに紹介しています。また、このころできた坂下段丘について、阿寺断層とあわせて模型で説明しています。
- 美山(郡上)の動物たち
- 郡上市熊石洞から見つかったオオツノジカなどの動物化石を展示し、最終氷期の生きものたちの様子を紹介しています。
- 飛騨の山々
- 飛騨の山々にすむツキノワグマの親子のジオラマと骨格標本を展示しています。また、高山地域に生息する動植物をスライドで紹介しています。
- 北アルプスの自然
- 北アルプスの生物について、野鳥の剥製や植物のレプリカ（複製）を展示して、低山帯から高山帯までの垂直分布を紹介しています。
- ブナの原生林
- 白山山ろくのブナの原生林をジオラマで忠実に再現しています。この豊かなブナ林のジオラマの中には20種以上の生きものがいます。
- 湿原
- 郡上市高鷲町ひるがの高原（標高およそ８７０ｍ）にある高層湿原の泥炭層について、モデルとイラストを用いて説明しています。この高層湿原は長い時間をかけてできました。
- 鍾乳洞の自然
- 石灰岩地域にみられる鍾乳洞のできかたとそこに生息する動物を展示しています。長い時間をかけてつくられる自然の造形の中で、生きる動物たちのをじっくり観察してください。
- 地熱と温泉
- 岐阜県内にはいくつかの天然温泉があります。その熱源は白山や御嶽山、焼岳などの火山や地熱地帯によるものです。県内の温泉について紹介しています（過去の温泉展の図録もご覧いただけます）。
- 美濃の河川
- 濃尾平野を流れる木曽川、長良川、揖斐川は木曽三川と呼ばれています。この中で自然の状態に近い長良川のれきを展示しています。川原のれきと流域の岩石の分布について説明しています。
- 岐阜の水環境と生物
- 上流から下流までの河川や湖沼のジオラマとそこに生息する生息する生物を展示しています。「水の国岐阜」の豊かな水環境を紹介しています。
- 水のきれいさを調べる
- 河川に生息するカワゲラなどの水生生物を展示しています。また、この水生生物を利用した水質調査（通称カワゲラウオッチング）の方法と県内河川における調査結果も紹介しています。
- ハリヨ
- 岐阜県南西部と滋賀県の一部にすむハリヨのジオラマを展示しています。ハリヨは地下水がわき出ている池や川にたくさんすんでいましたが、近年その生息域も限られるようになっています。
- 森林の役割
- スギの年輪を示す標本と、岐阜県を代表する木の幹と枝を展示しています。森林が私たち人間に果たす役割を紹介しています。スギの年輪標本からは、何年たった木であるかを知ることができます。
- 帰化植物
- もともと日本にはなく、外国から入ってきて、日本で見られるようになった野生の植物を帰化植物といいます。ここでは、県内で見られる帰化植物について、原産国別に分けて紹介しています。
- 特定外来生物
- 帰化植物同様、人間活動によって他の地域から持ち込まれた外来種のなかで、生態系や人間生活等に大きな影響を及ぼす特定外来種の動物を中心に紹介しています。
