- ふるさとの姿
- 岐阜県のさまざまな自然の姿を撮影した画像を岐阜県の形のレリーフにモザイク状にデザインしました。
- 生物の系統
- このコーナーは生命誕生してからの長い時間をかけて少しずつ進化してきた道すじ（系統）を立体的に展示しています。私たち人間をはじめ、生物の進化のようすをたどることができます。
- 岩石
- 岐阜県にはほとんどすべての種類の岩石が存在しています。ここでは、岐阜県内で見られる代表的な岩石（火成岩、堆積岩、深成岩）を偏光顕微鏡で見た写真とともに展示しています。
- 鉱産資源
- 岐阜県内の鉱山でとれた鉱石と、それらからできる製品の例を展示しています。また、県内の地下資源（鉱床）とそのでき方についても説明しています。
- 天然記念物
- 学術上貴重な岩石や化石、動植物などは天然記念物として保護されています。岐阜県内の天然記念物２３０数点について、その詳細を紹介しています（文化財図録の一部を閲覧できます）。
- レッドデータリスト
- レッドデータリストは、絶滅のおそれのある野生生物の生息状況についてまとめたものです。ここでは、岐阜県がまとめた絶滅危惧種について、はく製やレプリカで紹介しています。
- 野生動物の保護
- 森や林の中では、さまざまな動植物がバランスよく生きています。この森や林の中の自然を維持することの大切さについてジオラマの中で説明しています。
- ふるさとの鳥類
- 岐阜県内では、約３００種類の野鳥が記録されています。ここでは、これらの野鳥を渡りの性質に基づいて、留鳥、夏鳥、冬鳥に分けてはく製を展示しています。
- ふるさとの貝類
- 岐阜県では、約180種類の貝類が知られています。ここでは、氷河期の生き残りとされるカワシンジュガイや大垣内氏の貝類コレクションを展示しています。
- ふるさとの昆虫
- 岐阜県の約8割は森林が占めており、多様な昆虫たちが見られます。このコーナーではギフチョウをはじめ、県内のさまざまな昆虫や、百年公園で見られる昆虫たちを展示しています。
- ふるさとの草や木
- タンポポやスミレなど、人里で見られる植物の押し葉標本やレプリカを展示しています。また、それら人里植物が山頂でも見られることから、人の活動と環境について考える機会も提供しています。
- ふるさとの魚
- 岐阜県には、多様な淡水環境があり、多くの種類の淡水魚がすんでいます。ここでは、県内で見られる約50種類の魚標本を展示しています。
- ふるさとのほ乳類
- 岐阜県の多様な自然環境に適応したほ乳類は56種類確認されています。ここでは、シカやイノシシなどの大型哺乳類や、百年公園で確認された中型のほ乳類のはく製を展示しています。
- 地震と活断層
- 岐阜県は、日本でも地震の多い地域で、これらの地震の多くは活断層が活動したことによります。ここでは、過去に起きた地震の分布や、その地震の揺れを記録してきた地震計を展示しています。
